آیت الله موسوی خلخالی فقهی جامع در ساحت‌های مختلف بود.

آیت الله موسوی خلخالی با رویکرد فقه جواهری و اجتهاد متعارف به عرصه فقه سیاسی ورود کردند و همین امر از وجوه ممتاز و تمایز ایشان از بعضی دیگران است.

فقه مضاف و فقه سیاسی از مباحثی است که باید هنوز در حوزه‌های علمیه به آن پرداخته شود و این امر نیازمند تلاش و اراده جدی علما، فقها و طلاب جوان و فاضل است.

مقوله «ولایت فقیه» ریشه در فقه سنتی شیعه دارد و نگاه جامع و کامل «صاحب جواهر» نسبت به ولایت فقیه در کتاب‌های فقهی ایشان آشکار است.

دوره حیات با برکت آیت الله موسوی خلخالی ابتدا در بعد نظری و توجه به فقه مسئله محور که ناظر به چالش‌های روز جامعه است و دیگر در بعد علمی و سلوک اجتماعی و تبلیغی برای حوزه‌های علمیه و روحانیت الگو است.